せっかく作成した漫画や作品を綺麗にスキャンするときにどんなモードでスキャンしていますか？
仕上がりがモノクロの場合は、スキャナーのモードをカラーモードでスキャンして、画像ソフトなどを使用して、モノクロモードにする加工でデータを作られている方が多いと思いますが、この場合どうしても綺麗にデータを作る事ができません。
最終的に印刷仕上がりがモノクロの場合ははじめからモノクロモードでスキャンしましょう！スキャナーメーカーによってはモノクロ2諧調などいろいろですので、スキャナーのメーカーのマニュアルなどをよく読んで最適なモードを選びましょう。
解像度は少なくても印刷に使用する場合は350dpi程度の解像度でスキャンしてください。
ウエッブなどディスプレイ等で表示するだけであれば95dpi程度で十分ですが、印刷の場合は最低でも350dpiは必要です。